Sub-domínio é um domínio dentro de seu domínio principal.

Exemplo:
http://www.seudominio.com.br (Domínio principal)

Um subdomínio é configurado no formato: "http://subdominio.seudominio.com.br" 
Podendo colocar qualquer nome para o sub-domínio, exemplo http://ecommerce.seudominio.com.br, http://suporte.seudominio.com.br, http://produtos.seudominio.com.br.

Obs: Não confunda sub-domínio com domínio adicional.

Para mais informações sobre domínio adicional clique aqui.